新たに入国予定の場合

在留資格認定証明書交付申請

外国人が「短期滞在」以外の在留資格で日本に上陸しようとするときに、申請に基づき法務大臣が在留資格に関する上陸条件の適合性を審査し、その外国人の行おうとする在留資格に適合することを証明する文書。日本へ入国した後に在留資格認定証明書の内容に基づいた在留資格が外務省より発給される。

既に日本滞在中の場合

① 在留資格変更許可申請

現在持っている在留資格を、他の活動目的の在留資格に変更するための手続き。
他の在留資格から永住ビザへの変更許可申請は不可。この場合は、永住許可申請を申請しなければならない。

② 在留期間更新許可申請

日本に在留している外国人が、在留期間満了後も引き続き日本に滞在するための期間更新手続き。
現在6ヶ月以上の在留期間を持っている場合は、3ヶ月前から申請可能。審査中に在留期間が満了する場合であっても、最大2ヶ月間は在留することができる。

③ 仮放免許可申請

仮放免許可申請は、オーバーステイ・不法滞在、不法入国等により入国管理局に収容されている外国人の身柄を一時的に解放してもらうための制度。摘発され収容された外国人対して在留特別許可申請と合わせてこの仮放免許可申請を行い、収容を一時停止してもらい、身柄が自由になるように求める。

仮放免申請は人道的な配慮等の理由に基づき、主任審査官等の裁量によって仮放免の許否が決定する。仮放免許可が決定した場合は、決定と同時に指定された保証金（上限は300万円、通常10万円~50万円）を納付する必要がある。

④ 在留特別許可申請

在留特別許可とは、密入国や不法滞在などで入管法に違反して日本に滞在している人が、法務大臣から例外的な許可をもらい正規のビザを取得すること。
申請者は、原則として本国に強制送還されることを前提とした退去強制手続きを受けることになっているため、「在留特別許可申請」と一般的には言われてるが、実際にはそのような申請はない。あくまでも退去強制手続きの中の救済措置の1つ。