预计以新的在留资格进入日本的情况下

在留资格认定证明书的交付申请

在留资格认定证明书是当外国人打算以“短期滞在”以外的在留资格进入日本时，法务大臣根据申请来审查是否符合在留资格的登陆条件，用来证明该外国人符合在留资格申请的文件。
进入日本后，外务省会根据在留资格证明书的内容，颁发在留卡。

已身在日本的情况下

①在留资格变更许可的申请

从现在所持有的的在留资格变更成 可以进行其他活动的在留资格。
从其他的在留资格不可以直接申请变更为永住。这种情况需要提交永住的许可申请。

②在留期间更新许可的申请

在日本的外国人，在留期限到期后为了继续逗留在日本则需要办理期间更新的手续。
持有6个月以上在留期间的情况下，在签证到期的3个月之前即可申请。在更新签证的审核期间签证到期的话，也可以最多逗留2个月。

③临时释放许可证的申请

临时释放许可申请是对因逾期滞留、非法滞留、非法入境等被入国管理局拘留的外国人进行临时释放的制度。对被抓捕拘留的外国人，在申请特别居留许可的同时，申请临时释放许可证，暂停拘留，要求暂停拘留，恢复人身自由。

临时释放申请是基于人道主义考虑等，由监管移民等酌情决定的。如果决定临时释放许可，则需要在决定的同时支付指定的押金（最多 300 万日元，通常为 100,000 至 500,000 日元）。

④在留特别许可的申请

在留特别许可是指因走私或非法滞留而违反入管法而在日本逗留的人，获得法务大臣的特例许可并获得正规的在留资格。
原则上，申请人必须在将被遣返本国的前提下办理遣返手续，虽然一般称为“在留特别许可的申请”，但实际上是没有这样的申请，最多只是驱逐出境程序中的救济措施之一。